Územie mesta Hajdúszoboszló bolo obývané už počas doby kamennej. Dokazujú to viaceré archeologické nálezy z toho obdobia. Prvá písomná zmienka o Hajdúszoboszló však pochádza až z roku 1107. Mesto sa postupne rozvíjalo, no tvrdý úder mu zasadili turecké vojny, ktoré ho urobili na niekoľko rokov neobývateľným. Vojny a neskôr aj Rákocziho povstania ničili mesto až do druhej polovice 19. stor.. Vtedy tu bolo založených viacero tovární a podnikov. Liečivá minerálna voda bola v Hajdúszoboszló objavená až v roku 1926. Odvtedy sa Hajdúszoboszló rozvíjalo ako kúpeľné mesto. Dnes je jedným z najvyhľadávanejších miest v celom Maďarsku.